在科研方面，学系具有现代化、完善的科研基地，为教育部人兽共患病重点实验室、吉林省卫生厅重点实验室、吉林省中医药管理局微生物学二级实验室、吉林省中医药管理局寄生虫学二级实验室。实验室面积约550平方米，拥有负压洁净实验室及净化工作室，主要仪器设备有生物安全柜、凝胶成像系统、数码成像系统、PCR仪、酶标仪、分子杂交仪、紫外分光光度计、冷冻干燥机、倒置显微镜、荧光显微镜、超速低温冷冻离心机等。学系主要研究方向包括细菌遗传学、基因诊断技术、感染与免疫及耐药机制的研究；真菌的分子分类及系统发生、快速鉴定诊断、致病机制、耐药机制、次级代谢产物开发利用及新型抗真菌药物的研究；病毒的感染、免疫及致病机制研究；寄生虫感染免疫学及抗寄生虫中草药的开发。近三年，承担国家级科研课题10余项，包括国家自然科学基金委国际重大合作项目、国家“十五”科技攻关、教育部高等学校科技创新工程重大项目培育基金、国家自然科学基金以及高校博士点专项基金等。此外，还承担省科技厅、卫生厅、省中医药管理局等省级科研课题10余项，横向科研课题20余项。近年来在学术刊物和学术会议上发表论文250 余篇，其中 SCI收录近20篇。获省科技进步一等奖1项，二等奖2项，三等奖1项，高校人文社科奖4项。申请专利10项，转让或被采用的科研成果有2项。

目前全体人员正满怀信心，努力将病原生物学学科建设成为结构布局合理、学科梯队精干、理论与应用水平较高、自我创新与发展能力较强、具有一定的综合优势和较为突出的特色、为高层次人才培养和区域经济发展提供有力智力支持的学科体系。