SARS、禽流感、新冠等烈性人兽共患病的暴发和流行，凸显了人兽共患病对人类健康与生存的严重威胁，为应对人兽共患病肆虐的严峻形势，2006年1月，吉林大学依托自身优势充分整合动物医学学院、基础医学院、第一临床医院和公共卫生学院的相关人才与学科资源，及时成立了世界首家专门从事人兽共患病研究的科研机构-人兽共患病研究所，率先探索同一世界（OneWorld）、One Health（全健康）及One Medicine（统一医学）理念下的人兽共患病防控研究。同年获批筹建人兽共患病研究教育部重点实验室（2006年6月），2007年12月通过教育部验收。2014年6月获批世界动物卫生组织（WOAH）亚太区食源性寄生虫病协作中心；2018年12月“人与动物共有医学”获批国家双一流建设学科；2006年获批“人兽共患疫病学”二级学科博士授权点，2020年获批“人与动物共有医学”一级学科博士授权点。2023年3月获批人畜共患传染病重症诊治全国重点实验室。主要依托学科兽医学在第五次学科评估中为A-。

重点实验室定位：立足我国人兽共患病防控现状和长远战略需求，在宏观上以动物源头防控为侧重点，微观上以重要人兽共患病毒、细菌、寄生虫及真菌病的病原生物学、致病机制、流行病学与预警为主要研究方向，开展基础与应用基础研究。力争成为区域、国家乃至国际上人兽共患病领域，科技创新、人才培养、国际交流及重大疫情应急的重要基地。

实验室现有科研人员教授52人,副教授8人,共计60人，其中国家级人才称号获得者20人、973首席科学家2人、国务院兽医学科评议组成员1人、中组部国家高端外国专家1人。拥有教育部创新团队2个，农业部、吉林省及吉林大学创新团队各1个。具有满足人兽共患病从基础到临床治疗的先进科学研究平台：包括1个国家级平台、1个重点实验室中心研究平台，3个医学支撑平台（医学病原微生物、公共卫生与预警、传染病治疗），1个国家实验动物中心，1个世界动物卫生组织（WOAH）亚太区食源性寄生虫病协作中心。研究所/重点实验室现有科研用房面积10000m²，拥有包括多模态超分辨高内涵分析系统、激光共聚焦、透射电子显微镜、流式细胞仪、全光谱跨尺度小动物活体成像系统、多功能分子互作分析系统等5,000余万元的仪器设备。

近五年累计承担包括国家重点研发、国家自然基金优青、重点、面上、青年基金等在内的各类基金项目课题243项，合同经费18463万元，到账经费9285万元；获横向课题64项，合同经费7751万元；发表SCI论文720篇，单篇影响因子最高为69.504；获授权发明专利98项（其中国际发明专利4项）；制定国家标准1项；获省部级一等奖2项，二等奖3项；获新兽药三类注册证书2项。